Gegründet wurde der FC Eintracht Northeim am 01. April 1992 durch den Zusammenschluss von SUS Northeim, dem VFB Northeim und dem Sultmershagener Fussballclub.
Der neue Verein startete in der Bezirksliga und schaffte im Jahre 1994 den Aufstieg in die Landesliga Braunschweig. Fünf Jahre später gelang der Aufstieg in die Niedersachsenliga Ost, wo mit Hilfe von regionalligaerfahren Spielern der Durchmarsch in die Oberliga gelingen sollte. Als Tabellenvorletzter musste die Eintracht postwendend wieder absteigen. Erst im Jahre 2002 gelang der Wiederaufstieg ins niedersächsische Oberhaus, wo die Mannschaft erneut gegen den Abstieg kämpfte. Im Jahre 2004 gelang der Klassenerhalt nur, weil sich der Meister TSV Neuenkirchen aus der Liga zurückzog.
Ein Jahr später folgte der sportliche Abstieg, dem der sofortige Wiederaufstieg folgte. In der Saison 2007/08 wurde die Eintracht hinter dem MTV Gifhorn Vizemeister der Niedersachsenliga Ost und stieg damit zur sportlichen Nummer eins des südlichen Niedersachsens auf. Im Jahre 2010 gelang die Qualifikation für die eingleisige Oberliga Niedersachsen. Als Fünftletzter der Saison 2010/11 musste die Eintracht die Oberliga wieder verlassen und in die Landesliga Braunschweig absteigen. Erst drei Jahre später gelang in der Saison 2013/14 der Wiederaufstieg in die Oberliga Niedersachsen.
Den bisher sportlichen Höhepunkt erreichte die Eintracht in der Saison 2016/17. Nach der besten Platzierung der Vereinsgeschichte mit dem 2. Platz in der Oberliga Niedersachsen nahm man an der Relegation zur Regionalliga-Nord teil. Den Aufstieg schaffte man jedoch leider nicht.
Wolfgang Hermann nach 22 Jahren als 1.Vorsitzender abgelöst
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